La chiesa di San Tommaso sorgeva maestosa verso il fondovalle dell’alto Nervia dove, nel pieno e tardo Medioevo, si stendeva il Borgo Inferiore dell’abitato di Pigna, che decadde e scomparve in seguito all’arroccamento del tessuto urbano intorno al castello dei Ventimiglia e alla nuova parrocchiale di S. Michele (nota dal 1233). San Tommaso è citato infatti la prima volta solo nel 1376, ma morfologia e materiali – con una significativa presenza di pietre tufacee tagliate con grande rigore – convengono a una chiesa della metà o del terzo quarto dell’XI secolo. L’edificio celebrò messa fino al 1789, quando interruppe la sua centenaria storia per l’arrivo delle truppe anti-clericali francesi.
I ruderi conservano la fisionomia medievale a tre navate e tre absidi. Restano in piedi la facciata – aperta da due portali – e la navata sinistra con le cinque arcate e i rispettivi pilastri che la separano dalla maggiore. Dai pilastri in pietra legati con abbondante malta e coperti da capitelli scantonati si alzano lesene sottili intersecate da una semplice cornice, ma è verosimile che la copertura originaria fosse a tetto. Sotto le absidi si avverte la presenza della cripta, segnalata da una sequenza di arcate cieche lungo l’emiciclo maggiore e estesa almeno sino all’abside minore sinistra.
