L’eremo di Santa Margherita si trova lungo il sentiero che conduce all’Abbazia di Santa Maria di Pulsano, fondata nel XII secolo dalla prima comunità eremitica nota come Ordine Monastico degli Eremiti Pulsanesi, promossa da Giovanni Scalcione da Matera. Situato nella valle dei Romiti, l’eremo è conosciuto anche come eremo di San Leonardo, secondo una tradizione parallela.
Come molti altri eremi pulsanesi, il complesso di Santa Margherita è di tipo misto, costituito da un nucleo rupestre di modeste dimensioni, ampliato successivamente con strutture in muratura. L’eremo si articola in otto ambienti distribuiti su due livelli, interessati da interventi di terrazzamento e muri di contenimento che in alcuni casi raggiungono i 5 metri di altezza. L’area presenta vari elementi accessori, tra cui vasche, abbeveratoi, pozzetti, nicchie, banchi di lavoro e buche di palo, probabilmente utilizzate per supportare divisori o tettoie in materiale deperibile. Questi elementi suggeriscono che negli spazi dell’eremo si svolgessero attività produttive, agricole o di allevamento, oltre alle funzioni sacre e residenziali.
Sul lato occidentale, un portale monumentale largo 1,20 metri si apriva sull’eremo, scolpito nella roccia a ovest e costruito in muratura a est, con stipiti realizzati in blocchi lapidei ben definiti e lavorati. Sul lato opposto, un corridoio voltato regolava probabilmente l’accesso da est. La struttura si sviluppa quasi interamente al livello inferiore, dove i vani ipogei sono preceduti da un avancorpo in muratura, aggiunto successivamente per prolungare la grotta e creare altri due ambienti. Una rampa tagliata nella roccia conduce a un livello inferiore, che ospita un unico ambiente non comunicante con quelli superiori; questo vano, di forma quadrangolare, è scavato nella roccia, rivestito in muratura e coperto da una volta a botte.
Le evidenze conservate suggeriscono un uso domestico per i primi vani e una funzione di deposito per prodotti e attrezzature agricole per gli altri; è probabile che vi fosse anche un ricovero per animali. Sebbene la presenza di un banco rilevato all’interno del primo ambiente possa evocare un altare e suggerire una funzione religiosa, non vi sono altri elementi a supporto di questa interpretazione. Anche per l’eremo di Santa Margherita, è plausibile che ci sia stata una prima occupazione esclusivamente rupestre, immediatamente precedente o contemporanea alla fondazione dell’ordine pulsanense agli inizi del XII secolo, seguita da un successivo utilizzo.