I ruderi del monastero di San Pietro in Cuppis si trovano in località San Pietro-Defensola; il nome «in cuppis» deriva dalla sua posizione sulla sommità di un colle prospiciente il lago di Varano.
Le prime notizie della presenza di una cella benedettina appartenente al monastero di Santa Maria di Càlena sono dell’XI secolo. La chiesa fu acquistata dal feudatario d’Ischitella nell’XI secolo e aggregata all’abbazia di Santa Maria a Mare delle Tremiti.
La chiesa sarebbe da identificare con «Sancti Petri Criptae Novae», citata nella bolla di Alessandro III (1159-1181) del 1177. Poi annoverata nel privilegio di Federico II (1194-1250), rogato a Foggia nel maggio 1225, tra le pertinenze di Santa Maria di Pulsano, come «Monasteri Sancti Petri Opineae Nove in Ischitella».
Nella seconda metà del Seicento venne aggiunto il toponimo «in Cuppis», i documenti coevi confermano la rilevanza economica del complesso religioso. Il declino della congregazione pulsanese e il terremoto del 1731 favorirono il lento abbandono del monastero.
La chiesa a navata unica monoabsidata e una porzione della muratura perimetrale sono gli unici elementi superstiti del monastero. Interessante è la presenza dell’iconostasi, realizzata con una parete aperta da tre varchi di cui quello centrale sembrerebbe aperto in breccia nella muratura.
L’arco lunato del portale di accesso alla chiesa, quello murato sul fianco laterale e il piccolo oculo in facciata, confermerebbero una datazione all’XI secolo. La chiesa fu sicuramente oggetto di un rinnovamento, probabilmente nel XIII secolo, che comportò l’aggiunta di semi-pilastri, realizzati con conci isodomi, sulle pareti perimetrali con lo scopo di sostenere archi traversi a supporto della copertura lignea. Il portale posto sul muro nord-ovest attesta il collegamento tra la chiesa e il monastero di forma quadrangolare che, con molta probabilità, doveva svilupparsi intorno ad un chiostro di cui non rimane traccia.
La muratura portante è costituita da blocchi di pietra calcarea irregolari di medie dimensioni. Nell’area absidale-presbiterale sono presenti tracce degli affreschi. La presenza di alcune mensole di appoggio, a distanze regolari, lungo il prospetto nord-occidentale, evidenzia l’uso di gronde per la raccolta delle acque meteoriche, probabilmente confluenti verso la cisterna, ubicata a 2 m circa dalla parete stessa.
La struttura superstite si trova in uno stato di abbandono.

