La chiesa di Santa Margherita si presentano addossata alla più piccola chiesa di Santa Giulia. Secondo alcuni si trattava di un unico edificio dedicato prima a Santa Giulia e poi a Santa Margherita; l’ipotesi più probabile è che invece fossero due chiese addossate, delle quali Santa Giulia fu costruita attorno all’XI secolo e Santa Margherita nel XIII-XIV secolo.
Le strutture sono poste lungo un antico sentiero che congiungeva Noli a Finale. Alcuni studiosi presumono che siano state costruite sui resti di un antico tempio pagano: era infatti presente un’urna cineraria romana del III o del IV secolo incorporata nelle mura e utilizzata come acquasantiera, oggi conservata nella sala consiliare del Comune di Noli. Utilizzate fino al XVII secolo e meta di pellegrinaggi fino al XX secolo nelle ricorrenze onomastiche e il Lunedì dell’Angelo.
Lo stile è romanico e a differenza degli altri edifici religiosi di Noli, in pietra locale, le due chiese sono costruite con mattoni misti a pietra nera di Capo Noli. I mattoni sono utilizzati nelle arcate interne, negli archetti pensili e in una cornice sotto al tetto. In entrambe le absidi sono presenti tracce dei bacini ceramici. Vi era un campanile era posto ad occidente, oggi non più presente. Lungo le pareti esterne vi erano due finestrelle dalle quali era possibile vedere in anticipo l’arrivo dei nemici.
Il complesso è stato gravemente danneggiati durante la seconda guerra mondiale.