Il sito di Dragonara è localizzato in territorio di Castelnuovo della Daunia, 7,5km a N-NE di Casalnuovo Monterotaro, e a 12,5 Km ad Ovest di Torremaggiore. L’area dell’attuale Masseria Dragonara insiste sull’areale in cui sorgeva l’insediamento fortificato di Dragonara, identificato attraverso aerofotointerpretazione. La città di Dragonara venne fondata nel 1019 dal catapano Basilio Bojhannes, insieme ad altri centri funzionali alla difesa della frontiera della Longobardia, collocato in una posizione strategica sulla riva destra del fiume Fortore, a controllo dei guadi di Santa Maria di Melanico e di Ponte Rotto, a dominio del medio e del basso bacino frentano. La città divenne presto anche importante sede episcopale.
Il cosiddetto castello di Dragonara è collocato al margine sudorientale dell’areale attribuito alla città tramite fotografia aerea, attualmente occupato da un complesso fortificato massariale. Il complesso architettonico ha una pianta quadrangolare, caratterizzato dalla presenza di quattro torri angolari di cui due cilindriche sul lato orientale, una quadrangolare ed una poligonale sul lato opposto ed è circondata da un fossato, probabilmente artificiale (evidenza da verificare tramite indagine archeologica). A circa dieci metri ad ovest della fabbrica è collocato un torrione circolare isolato, che verosimilmente non conserva la sua altezza originaria.
Il complesso architettonico principale occupa, globalmente, una superficie di circa 1210 mq. e si articola su due livelli. Un’ampia corte interna, pavimentata in cotto a spina di pesce, definisce lo spazio centrale intorno alla quale sono organizzati e orientati gli ambienti. Al piano terra sono collocati le stalle e magazzini; mentre il livello superiore ha carattere residenziale e rispecchia l’impianto planimetrico del piano inferiore, articolandosi in ambienti grandi e molto più luminosi per la presenza di ampie aperture. Le murature mostrano la compresenza di diverse tecniche edilizie, quasi certamente, da imputare a momenti costruttivi differenti e in alcuni casi al ruolo strutturale degli elementi costruttivi (in particolare pavimenti e volte prediligono l’uso del laterizio). Il complesso architettonico presenta esternamente una muratura a scarpa che si sviluppa quasi sull’intero perimetro; sono riconoscibili buche pontaie, cantonali, elementi architettonici probabilmente riconducibili alla prima fase costruttiva.