L’edificio fu costruito nel 1605 per volontà del conte Nappi e nel 1631 vi venne aggiunto un collegio. Nel 1743, l’architetto Luigi Vanvitelli, nella fase di riammodernamento della città voluta da papa Clemente XII, mise mano anche a questa chiesa, oltre che alla Mole Vanvitelliana e l’arco Clementino, tutte opere che si trovano nella zona portuale di Ancona. Per molti anni l’edificio è stato chiuso al pubblico e in attesa dell’ultimazione dei restauri interni.