La fondazione della piccola Chiesa dedicata alla Beata Vergine è riconducibile al 1490, la data di consacrazione risale invece al 16 marzo 1521. Col passare degli anni la chiesa diviene sempre più importante: nascono infatti intorno ad essa alcune confraternite (del Santissimo Sacramento e del S. Rosario). All’inizio dell’Ottocento la Chiesa del Vallone ha ormai una notevole importanza ma, dopo tre secoli dalla costruzione, si sta progressivamente deteriorando. Nel 1824 viene quindi approvata la sua riedificazione, che porta ad un significativo ampliamento dell’edificio. Dopo il terremoto del 1930 sono condotti altri lavori di restauro e rafforzamento, grazie al generoso intervento di Papa Pio XI, mentre negli anni Cinquanta si provvede a ricostruire il campanile, ormai pericolante. Una recente ristrutturazione è databile al 1990, in occasione dei cinquecento anni di vita della Chiesa.