Nel suo assetto attuale, la chiesa del Crocifisso di Gioia del Colle fu costruita verso la fine del 1640 dai Padri Riformati sui resti di una primitiva chiesa dedicata, invece, a Sant’Antonio da Padova. L’intitolazione odierna deriva dall’omonima sacra immagine scultorea del Crocifisso, posta sul secondo altare e racchiusa in una nicchia. Caratteristica di questo Crocifisso è il volto che, a seconda del punto di osservazione, presenta tre diverse espressioni: visto di fronte, il Cristo appare agonizzante; da destra ha il volto sofferente, da sinistra ha un volto ormai morto.
All’interno della casa, alcune mattonelle smaltate, con decorazioni a fogliame, sono ciò che rimane dell’antico pavimento della chiesa precedente.