I lavori di costruzione della chiesa e dell’annesso monastero furono avviati molto probabilmente nel 1251 e furono portati a termine circa due anni dopo. A termine e quasi a suggello dei lavori di edificazione della nuova struttura sacra, vuole la tradizione, vi furono traslate all’interno le spoglie di S. Bonfilio. Il monastero fu abitato fino alla soppressione innocenziana del 15 ottobre 1652 e successivamente divenne abbazia titolare. Il primo giugno del 1681 le spoglie di S. Bonfilio furono traslate nella chiesa di S. Benedetto di Cingoli. In seguito alla soppressione napoleonica il monastero passò in mano dei privati e fu adibito a casa colonica. Nel 1940 cadde il tetto del monastero e nella notte del 29 gennaio 1961 crollarono anche le volte della chiesa travolgendo anche una parete laterale.