L’arco temporale in cui si inserisce storicamente la costruzione della chiesa e del convento di San Francesco a Gioia del Colle è compreso tra il 1222 e il 1292.

La chiesa presenta uno sviluppo planimetrico tipico settecentesco: navata unica ripartita in tre zone da quattro archi divisori trasversali di irrigidimento. La volta a botte lunettata della navata poggia sulle murature perimetrali caratterizzate da nicchie ad arco dove si trovano piccoli altari, tele, statue. Il transetto ha la volta a cupola. Tra la cupola e il presbiterio si trova l’”arco trionfale” dell’altare che poggia su semicolonne adornate con capitelli ad aquile. Dietro l’altare vi è il presbiterio, con il coro ligneo composto da ventisei stalli in abete intagliato, di probabile fattura di artigianato locale, risalente al XVIII secolo.

All’interno si custodiscono tele ad olio che adornano gli altari laterali e la sagrestia. Di pregio sono la tela di san Giuseppe da Copertino (XVII sec.), e tante altre risalenti al XVIII secolo, di probabile scuola napoletana.

Nel presbiterio, a pavimento, una botola indica la presenza di locali ipogei posti al di sotto dell’altare maggiore. Essi costituiscono la cripta, scoperta dopo il terremoto del 1980. L’esplorazione ha evidenziato la presenza di un ambiente rettangolare con volte a botte, dal quale si diparte un corridoio che porta ad altri tre piccoli vani, tutti in asse con la zona superiore del coro e dell’altare maggiore. Nel primo ambiente esplorato sono state costruite, in materiale tufaceo, sette tombe del tipo “a sedile”, che servivano per la sepoltura di altrettanti frati conventuali.