L’insediamento di San Gratignano sorgeva attorno alla chiesa ed è ricordato come toponimo già dal 1438, mentre la chiesa compare già dagli annali del XII secolo.
La struttura dovette subire un considerevole intervento di restauro nel 1786, come documentato da una scritta posizionata su un tratto di muro, ma non si conosce la natura e l’entità di questo intervento.
Di esecuzione modesta si presenta in forma rettangolare delimitata verticalmente da due pilastri angolari, con timpano triangolare.
Il portale è riquadrato da una cornice in mattoni; sopra ad esso, una finestra semicircolare è stata realizzata nello stesso modo; anche il perimetro del timpano, come le due cornici orizzontali sottostanti, sono in cotto.
Sul colmo del timpano si erge un campanile a vela. L’interno è molto semplice: si tratta di un’aula rettangolare con le facciate interne solcate da paraste stilizzate dotate di capitello e basamento.
