La chiesa di S. Pietro è legata alle vicende del castello di Annifo eretto dai Folignati prima della metà del secolo XIV.
Il primo documento che ne attesta la presenza è lo Statuto del Popolo di Foligno del 1350 che parla di una fortificazione da erigere nel Castello di S. Pietro di Annifo, quindi all’interno del Castallo esisteva una chiesa intitolata a S. Pietro.

Al di sotto dell’altare vi è in un affresco, di fine ‘400-inizi del ‘500, che riproduceva S. Anna con la Vergine ed il Bambino che, alla fine del ‘700, fu ricoperto da una pala della stessa forma e delle stesse dimensioni, riproducente una Madonna In Trono con Bambino fra San Pietro, S. Francesco da Paola(?) e S. Sebastiano. Agli inizi del sec. XVIII, la chiesa fu assegnata a don Giustiniano Pagliarini, sacerdote folignate, che nel 1733 la fece decorare con stucchi disegnati dal noto pittore Francesco Mancini di Sant’Angelo in Vado (1679-1758) ed eseguiti dallo stuccatore Gioacchino Grampini (1681-1750).

Oggi al Santuario di S. Pietro di Annifo si va in pellegrinaggio una volta all’anno precisamente il 29 giugno in occasione della festa del San Pietro e Paolo.