La chiesetta di Santa Maria della Selvetta, oggi di San Rocco, fu di grande importanza perché accanto ad essa sembra sorgesse il primo insediamento francescano a Montefalco, documentato dal 1240 fino al 1275, quando i frati Minori costruirono un nuovo convento prossimo alle mura di Montefalco. Nel 1477, un lascito testamentario prevedeva un’elemosina per una cappella che in questa chiesa aveva fatto costruire fra Giovanni tedesco. Successivamente, mentre era ministro della chiesa frate Antonio da Gubbio, nel 1516, i santesi commissionarono al Melanzio una tavola con San Rocco, il santo molto venerato dai terziari e in quegli anni molto invocato contro la peste. Da quel tempo la chiesa cambiò l’intitolazione originaria con quella attuale, riscuotendo grande venerazione, come testimoniano i numerosi lasciti testamentari. Alcune monache Clarisse del monastero di Santa Caterina di Foligno richiesero il romitorio al vescovo di Spoleto Francesco Eroli, il quale lo concesse con decreto del 6 gennaio 1536.
Queste ultime vi abitarono fino al 27 ottobre 1577, quando in ossequio alle disposizioni del Concilio di Trento, si spostarono nel nuovo convento di San Clemente, dentro le mura di Montefalco.
Da allora è cominciata per questa chiesa l’abbandono e la rovina. All’interno compaiono molti affreschi in cattivo stato di conservazione.

