La chiesa è situata presso Villa Pitignano, frazione del comune di Perugia lungo la dorsale che a nord segue il Tevere, lungo una strada secondaria che sale a settentrione, in un contesto paesaggistico agreste. Di antiche origini, già degradata nell’Ottocento e restaurata nel 1937, nelle drammatiche giornate del passaggio del fronte, dal 22 al 28 giugno 1944, l’edificio, da cui si domina la valle del Tevere, fu occupato dall’esercito tedesco che vi collocò una postazione di artiglieria, alla quale rispose l’artiglieria alleata posizionata nei pressi di Pieve San Sebastiano, che distrusse completamente la cappella e gli edifici rurali circostanti. Da allora i ruderi di S. Croce, e i plessi affiancati, non sono più stati soggetti a restauro, quindi la chiesa è oggi ridotta a rudere, di cui permane la parte bassa delle facciate e il campanile a vela.

