Sant’Agata di Tuori fu eretta poco dopo l’anno Mille quando la chiesa perugina con il suo vescovo cominciò ad evangelizzare il contado al di fuori delle mura cittadine. Doveva trattarsi di un edificio di dimensioni modeste e di impianto romanico non molto dissimile dalla chiesa di San Salvatore ad Isola Maggiore.
La chiesa fu distrutta alla fine del XIV secolo, probabilmente ad opera di uno dei tanti eserciti e compagnie di ventura che tra il XIV ed il XV secolo assaltarono spesso i castelli del Trasimeno durante le guerre con il Comune di Perugia, che indebolirono le strutture di Tuori.
L’edificio non venne ricostruito forse perché l’abitato stava ormai espandendosi più a valle; al suo posto nel centro abitato nuovo sorse la chiesa di Santa Maria Maddalena. Della chiesa non restano che i ruderi relativi alla parte absidale con una monofora centrale a forma di croce latina; rimangono brandelli di mura perimetrali soprattutto quelli della parete a monte coperti di rovi.
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