La chiesa di Santa Maria Maddalena è parte di un esteso complesso conventuale, il cui primo nucleo fu fondato nel 1269 per volere di Carlo I d’Angiò. L’edificio fu costruito all’esterno delle mura angioine, nei pressi dell’antica Porta San Nicola, in un sito su cui preesisteva una piccola cappella.
Come risulta da alcuni documenti, nei quali l’edificio viene citato con la denominazione di Hospitale Leprosorum S. Mariae Magdalenae, la prima destinazione della struttura fu di tipo assistenziale. Gestita dai Cavalieri ospedalieri di San Giovanni, all’epoca amministratori dei due terzi dei lazzaretti d’Europa, essa era destinata alla cura e all’assistenza dei malati di lebbra.
Nel 1420, la diminuzione del numero dei malati ed il trasferimento parziale del lebbrosario a Sant’Eligio consentirono la dismissione dell’ospedale che fu occupato dai Frati Minori Conventuali. Questi lo ampliarono con nuove costruzioni per trasformarlo in convento. Nel 1430 Jacopo Scaglione di Aversa, appartenente a un nobile casato aversano, fece costruire il chiostro in pietra grigia. Successivamente, il vicario generale, Angelo Orabona, arcivescovo di Trani, vi aggiunse il pozzetto marmoreo centrale, sul quale è apposto lo stemma del casato, e fece affrescare le volte dei portici. Importanti interventi di trasformazione interessarono l’interno della chiesa sia nel ‘500 che nel ‘700.
I Francescani tennero il convento fino al 1813, quando un decreto di Gioacchino Murat destinò l’intero complesso a ricovero dei malati di mente del Regno di Napoli. Con l’approvazione della legge Basaglia (numero 180 del 13 maggio 1978), disponente la chiusura delle strutture psichiatriche, l’ospedale psichiatrico venne chiuso e l’edificio fu abbandonato.
L’impianto della chiesa è a navata unica, con cappelle e transetto. Essa conserva alcune opere di rilevante pregio artistico. Interessantissima è la cona d’altare maggiore, col rilievo della Madonna col Bambino che sovrasta una chiesa, corrispondente al modello della chiesa francescana del cinquecento, e, ai lati, nelle nicchie, i Santi Pietro e Paolo. A sinistra della navata, nella prima cappella si può ammirare una tela della Maddalena, della prima metà del Settecento, di Carlo Mercurio. Nel pronao della facciata si trova un fregio marmoreo di fontana, poi adattato a sarcofago.