La Chiesa di San Francesco d’Assisi si trova al di fuori della cinta di mura del centro storico. Il complesso duecentesco, realizzato per volere del vescovo di Genova monsignor Leonardo Fieschi, comprende un complesso monastico annesso alla stessa chiesa. Le fonti storiche attestano al 1291 l’anno di fondazione del complesso monastico dell’Ordine dei Frati Minori Conventuali – intitolato al santo francescano.

L’edificio come appare oggi è frutto di un intenso restauro condotto durante il Seicento che ha portato anche all’inversione dell’orientamento della chiesa. È stata mantenuta la navata centrale, sono state realizzate numerose cappelle, un profondo presbiterio le originali capriate in legno sono state sostituite con una volta a botte. L’edificio nel suo complesso è stato ampliato, il tetto e la volta rifatti ed internamente arricchita di pregevoli stucchi. Il campanile, inserito nel contrafforte angolare posto a nord-est della struttura, è trecentesco ed ospita due campane rispettivamente del 1362 e del 1753. Dal XIV secolo al XVII secolo all’interno della chiesa trovarono regolare sepoltura le famiglie più importanti della città nolese; sono ancora presenti epigrafi a memorie dei personaggi più illustri.