L’insediamento di una comunità di cappuccini ebbe inizio ad Ancona nel 1554: ai religiosi venne ceduta un’area sul colle di S. Cataldo dove costruirono il loro convento, prendendone possesso nel 1560. Nel 1572 il convento veniva ampliato e nel 1612 ristrutturato ad opera del padre Cesariano da San Ginesio; nel 1650 il convento disponeva di 46 camere, 4 infermerie e una cappella. Nel 1787 venne aperto il collegio per la formazione dei missionari cappuccini, ma successivamente con le conquiste napoleoniche il convento dei cappuccini fu ridotto a caserma, e i frati vi rientrarono all’interno solo nel 1802. Con la soppressione italiana i padri cappuccini furono cacciati definitivamente dal loro convento, trovando rifugio presso il convento annesso alla chiesa di S. Gregorio Illuminatore, ma nel 1866, con l’ultima soppressione, dovettero abbandonare anche questo. Verso il 1990 l’edificio è passato di proprietà all’Università Politecnica delle Marche.