La chiesa di S. Francesco a Pozzuolo Martesana costituisce l’esempio più integro di fondazione francescana nel territorio milanese. La posizione del complesso, ai margini del centro abitato e presso la strada che da Milano porta verso oriente, sembra dare sostegno all’ipotesi secondo cui il S. Francesco di Pozzuolo fosse una meta di pellegrinaggio, seppure di portata esclusivamente locale. L’insediamento della comunità francescana in questa zona era probabilmente precedente al 1295, anno in cui il cardinal Pietro Peregrosso dispose nel suo testamento che fosse completata la chiesa originariamente intitolata a S. Maria, evidentemente già in costruzione, e che ad essa fossero annessi una serie di edifici che necessitavano alla vita della comunità monastica (dal refettorio al capitolo) e più in generale della popolazione locale e di passaggio (la scuola, le officine, l’ospizio per i pellegrini). A partire dalla metà del Quattrocento il convento si avviò verso un lento declino. Nel XVII secolo ingenti lavori di rifacimento impressero un volto barocco al complesso trecentesco; nel 1769 fu soppresso il convento, mentre la chiesa conservò il ruolo di parrocchiale. Nonostante le numerose alterazioni che nel corso del Settecento e dell’Ottocento hanno modificato l’aspetto degli edifici, specie quelli civili, il complesso del convento ha mantenuto una certa omogeneità, grazie agli interventi di recupero e restauro avvicendatisi dagli anni Sessanta del Novecento fino ad oggi.