Tutto il complesso dell’ex convento era un castello normanno: il Castello di Santa Sofia. Nel XV secolo fu assegnato ai frati francescani ed era l’unico convento che si trovava all’interno delle mura del paese.
Nel 1439 papa Eugenio IV concede l’assenso pontificio per l’erezione del convento di S. Francesco entro le mura del paese di Miglionico, così il Principe Antonio di Sanseverino e gli abitanti del luogo ne sostengono le spese della costruzione. Dopo la parentesi di alcuni anni in cui è retto dai Conventuali con il titolo di S. Salvatore, il convento passa al governo dei Frati Osservanti con il titolo di S. Francesco. La preesistenza di strutture appartenenti all’antico castello di S. Sofia sul luogo dove sorge il complesso conventuale, impedisce di realizzare il consueto impianto quadrangolare dei conventi francescani; così i corpi di fabbrica si dispongono in modo variamente articolato intorno al chiostro che, perimetrato dalla successione di arcate a sesto ribassato, conserva il pozzo centrale con vera circolare.
Nel sec. XVII i Padri Riformati provvedono ad ampliare il complesso con la costruzione di nuove celle e a restaurare i dormitori. Adiacente il vecchio convento francescano vi è la chiesa di S. Francesco, chiusa al culto dopo il terremoto del 5 maggio 1990.