Il complesso rupestre denominato “eremo di Sant’Arcangelo” o “eremo di San Francesco” (secondo la notizia riportata dal Cavallini, del presunto soggiorno di San Francesco d’Assisi nel 1216), è componente del sistema di ipogei rupestri e semirupestri che si sviluppano nei valloni che da Monte Sant’Angelo scendono verso Manfredonia connessi all’Abbazia di Santa Maria di Pulsano, fondata nel XII secolo da san Giovanni da Matera, promotore di una prima comunità eremitica dell’Ordine monastico degli Eremiti Pulsanesi. L’eremo è localizzato immediatamente ad ovest dell’abbazia di Santa Maria, su uno sperone roccioso. Una scala scavata nella roccia, nell’area antistante all’abbazia, conduce all’eremo. Il nucleo rupestre è costituito da tre ambienti ipogei scavati nella roccia, intercomunicanti, a cui si aggiunge una piccola cappella costruita in muratura. Gli ambienti ipogei sono chiusi verso l’esterno da una parete in muratura, all’interno della quale si aprono due accessi, uno a est e uno a ovest, in corrispondenza di due ambienti.
L’ambiente orientale è modeste dimensioni e presenta una copertura con volta a botte, scavata nella roccia e intonacato; quello occidentale, il cui accesso è stato successivamente tompagnato, presenta tracce di un basso muretto che doveva dividerlo da un terzo e ultimo vano. Qui sono presenti un camino, ben visibile dall’esterno, e una finestra. La pavimentazione delle celle è caratterizzata dalla presenza di diverse buche di palo e da una rete di piccoli canali scavati nella roccia che confluiscono in conche- vaschette riservate alla raccolta dell’acqua piovana filtrante dalla roccia. All’esterno della struttura, ai margini di uno strapiombo, è presente la piccola cappella in muratura, della quale restano i muri perimetrali; questa presenta un orientamento in senso est-ovest e dimensioni pari a circa 4,5 m x 3 m; un piccolo campanile a vela si imposta sulla facciata,
mentre sulla parete di fondo sono osservabili due nicchie. Sulla parete localizzata a nord della cappella sono presenti alcune buche di palo e una piccola mensola realizzata nella roccia, che lasciano presumere un utilizzo dello spazio in un periodo presumibilmente antecedente alla realizzazione della struttura in muratura.