Le prime notizie documentarie sul monastero risalgono al 1089. Alla fine del Seicento le fabbriche furono sottoposte a notevoli interventi architettonici, fra cui il rifacimento delle decorazioni interne della chiesa. Al 1700 circa è datato l’affresco della Gloria di San Benedetto eseguito da Angelo Innocente Massarotti sulla volta della chiesa esterna. L’affresco di gusto barocco, pone al centro della scena San Benedetto e la sorella Santa Scolastica, affiancati da santi benedettini e dai papi dello stesso ordine. Nel 1784 il governo austriaco chiudeva il monastero e vi insediava il collegio delle Canonichesse di San Carlo. Nel 1798 l’istituto fu soppresso dai francesi e il fabbricato fu destinato ad uso civile. Nel XIX secolo fu convertito all’uso militare.