La chiesa è realizzata intorno al 1522 dai frati di S. Spirito, come oratorio pubblico dell’annesso ospizio gestito dai religiosi e fondato nel 1277 dai nobili fratelli cremonesi Alberto e Ottolino Bombelli; il progetto del piccolo tempio è attribuito all’architetto e scultore cremasco Agostino De’ Fondulis, operativo in diversi cantieri lombardi assieme a Donato Bramante. Nel 1589 la chiesa passa in proprietà ai Padri del terzo ordine di S. Francesco, che adattano l’antico ospedale alle loro esigenze abitative e di preghiera trasformandolo in convento, di cui oggi rimane un piccolo chiostro prossimo alla chiesa. Demanializzata nel 1805, è acquistata nel 1830 assieme ai resti del convento dai conti Vimercati Sanseverino, per estendere il confine della loro proprietà attorno al grande palazzo nobiliare. Sconsacrata e chiusa al pubblico, la chiesa rimane ancora oggi proprietà dei conti che dal giardino del palazzo godono della magnifica vista del tiburio della chiesa.