Il convento di San Francesco d’Assisi sorse intorno al 1222 e fu sede dei frati minori. Il suo restauro e ampliamento, dopo diversi anni di abbandono, fu opera della Regina Margherita di Durazzo nel 1409. In origine, il monumento funebre della Regina, che morì nel 1412, fu posto proprio nella chiesa di San Francesco, in seguito il monumentale sepolcro fu spostato nel Duomo di Salerno.
Il convento fu soppresso nel 1808 con decreto napoleonico e si progettò di trasformarlo in carceri giudiziarie maschili. La chiesa venne richiesta dalla confraternita del clero, ma non fu concessa. Nel 1809 il monastero venne adibito per quartiere delle guardie civiche. Nel 1815 fu adibito a sede delle carceri giudiziarie maschili insieme al vicino convento di San Pietro e San Giacomo, costituendo il complesso delle carceri di S. Antonio. Le carceri furono chiuse a metà degli anni ’80, quando fu inaugurato il nuovo carcere di Fuorni. Da allora la struttura è inutilizzata e versa in un grave stato di conservazione.