La grotta o cripta di San Michele è un sistema di cavità naturali situate in contrada Sant’Angelo, a ridosso della Strada Provinciale che collega Ceglie Messapica a Francavilla Fontana. L’ingresso della grotta è posto all’interno di una depressione recintata da muretti a secco, per accedere alla quale è necessario scendere una scalinata intagliata nella roccia dai monaci basiliani. I gradini immettono in un primo ambiente che presenta, a destra, una vasca a forma circolare per la raccolta delle acque di stillicidio, a sinistra, le prime concrezioni carsiche.
La scalinata, risistemata negli anni Sessanta, prosegue poi fino a raggiungere un ambiente carsico posto a dieci metri di profondità. Qui si trova la cripta con, addossato alla parete, un altare in pietra dalla forma di parallelepipedo sopraelevato rispetto al piano di calpestio attraverso due scalini.Sulla parete parzialmente intonacata posteriore all’altare sono presenti degli affreschi, di cui ancora visibili solo tre: la Madonna orante (datato VIII secolo), il Cristo pantocratore, san Michele arcangelo. Gli ultimi due affreschi sono riconducibili alla prima metà del Basso Medioevo.
Nella cripta sono presenti anche varie iscrizioni che attestano la frequentazione della grotta in epoca medioevale.