Anticamente era denominata Popilia. Nelle antiche mappe cinquecentesche l’isola appare nominata anche nella forma Poveggia. A seguito dell’invasione longobarda del VI secolo e della distruzione delle città dell’entroterra divenne uno dei centri di reinsediamento delle popolazioni in fuga verso le coste. Divenuta borgo e sede di un castello, il centro contribuì efficacemente, tra l’809 e l’810, alla resistenza di Metamauco, l’antica capitale del ducato di Venezia Nell’864 vi si insediarono le famiglie dei 200 fedelissimi servi di Pietro Tradonico che, in seguito alle rivolte scaturite dall’uccisore del doge, qui avevano ottenuto dal successore la concessione di terre e valli. Poveglia era un centro florido, sia dal punto di vista economico che demografico. Le famiglie locali erano impegnate nella pesca e nella salinatura, con interessi anche a Chioggia e a Pellestrina. A livello ecclesiastico, faceva capo alla pieve di San Vitale La decadenza di Poveglia coincise con la guerra di Chioggia allorché si decise di evacuarne la popolazione a Venezia. Al termine del conflitto Poveglia era completamente devastata e i suoi abitanti, in origine diverse centinaia, erano ridotti a poche decine. I Povegliotti, tuttavia, mantennero per secoli la propria identità anche se ormai residenti a Venezia.La Repubblica si interessò più volte al recupero dell’isola, offrendola ora ai camaldolesi (1527), ora agli stessi povegliotti (1661), ma ottenne sempre dei rifiuti. Solo più tardi si decise di sfruttarne la vicinanza al porto di Malamocco (allora unico accesso alla laguna adatto alle grandi navi) adibendola a stazione per il rimessaggio e la sosta delle imbarcazioni e per l’immagazzinamento di attrezzature di bordo. In seguito le sue funzioni si orientarono sempre più verso fini sanitari: assegnata al Magistrato alla Sanità, dal 1782 le sue strutture servirono al controllo di uomini e merci e, all’occorrenza, da lazzaretto, mantenne le funzioni di stazione per la quarantena marittima per tutto l’Ottocento e fino al secondo dopoguerra. Nell’ultimo periodo gli edifici furono in parte adibiti a convalescenziario geriatrico, ma dal 1968 anche questo utilizzo venne dismesso e l’isola fu ceduta al Demanio. Dell’antica pieve di San Vitale resta il solo campanile, risparmiato dalle soppressioni napoleoniche perché adibito a faro. L’orologio della torre, risalente al 1745 e oggi privo delle lancette,.