La chiesa ed il convento dei Paolotti furono eretti agli inizi del XVII secolo come dimora di una piccola comunità di seguaci della regola di S. Francesco di Paola, al di sopra di una serie di modeste strutture preesistenti e passò, ai primi del XIX secolo, cioè qualche anno dopo la soppressione dell’ordine, avvenuta nel 1809, a sede del Seminario Vescovile, ingrandendosi nel tempo fino ad accogliere, nel 1860/61, un Liceo Ginnasio . Le origini del Seminario risalgono invece al 1703. Il milanese D. Filippo Meda, l’anno dopo la sua venuta a Conversano come Vescovo della Diocesi, eresse un Seminario per l’educazione del giovane clero. Nel 1851 furono costruite le logge ad est e a nord, che dovevano servire a rafforzare ed abbellire il vecchio Convento; nel 1860 sorse l’ avancorpo con l’attuale facciata su via dei Paolotti; nel 1894 si costruì il nuovo edificio delle scuole ad est.
Dal 1874 accanto al Seminario sorse il Convitto laico, più tardi degno erede dello stesso Seminario. Al Cardinale Gennari e a Monsignor Lamberti nonché al Rettore Morea ed all’ architetto Sante Simone si devono la realizzazione del nuovo corridoio delle otto aule, l’immenso refettorio al piano terra, il salone teatro ed un nuovo dormitorio realizzati nel 1900.
Durante la prima guerra mondiale il Seminario non mancò a nessuno dei suoi doveri partecipando a tutte le opere assistenziali intese a mantener salda la resistenza civile, e restringendosi nel minor numero di aule per dar luogo ad un Ospedale Militare, accogliendo nel Convitto annesso, gratuitamente, figli di profughi e di caduti.
Nel 1935 su iniziativa di Monsignor Argnari e del Rettore Preside Forlani fu compiuto un ulteriore ampliamento, consistente nella realizzazione dell’ attuale ingresso del Liceo Classico.
Dopo la seconda guerra mondiale, infine, fu realizzata la sopraelevazione del Liceo Classico e di tutta l’ ala orientale comprendente l’ex scuola Forlani.